Traditionnellement, Aves est organisée en sections qui organisent leurs activités à un niveau local ou provincial. Chaque section est composée d'un comité permettant un bon fonctionnement du groupe. 

Neuf sections sont donc réparties en Wallonie et à Bruxelles :

• Aves Mons-Tournai
• Aves Bruxelles
• Aves Brabant
• Aves Namur
• Aves Liège
• Aves Luxembourg
• Aves Lorraine
• Aves Charleroi
• La Grièche (Aves, CNB, Viroinvol et Régionale Natagora Entre Sambre-et-Meuse).

De nombreux groupes ornitho plus ou moins spécialisés sont aussi développés dans les régionales de Natagora.  

Dans les Cantons de l'Est, une autre asbl soeur existe : Aves Ostkantone.